La Chiesa originaria fu edificata ad opera dei benedettini a metà del Cinquecento per aggregarla al vicino monastero. Questa fu gravemente danneggiata dalla colata lavica del 1669 e definitivamente distrutta dal terremoto del 1693. La nuova struttura venne edificata a partire dal 1730 e vide coinvolti, nel corso degli anni, i più noti architetti e maestri siciliani: Andrea e Antonino Amato, Francesco Battaglia, Stefano Ittar, Carmelo Battaglia Santangelo.

I lavori eseguiti hanno riguardato principalmente il restauro della preziosa pavimentazione interna in marmo policromo.

Nel transetto si trova la grande meridiana che due famosi astronomi, il tedesco Wolfgang Sartorius von Waltershausen e il danese Christian Peters, tracciarono sulla pavimentazione a partire dal 1839.