In seguito al terremoto del 13 dicembre 1990 la chiesa subì alcuni danni strutturali che portarono ad un rovinoso crollo il 13 marzo del 1996. A causa di un grave difetto costruttivo dei pilastri della navata centrale (riempiti “a sacco” con sassi di fiume anziché con conci in pietra squadrati), il primo dei piloni di destra che fa da sostegno alla cupola “per schiacciamento” rovinò al suolo, trascinando con sé nel crollo la cupola stessa e per effetto domino l’intera navata destra, la navata centrale e il transetto destro.

Si dovette procedere ad una rimozione controllata delle macerie secondo una metodologia interamente elaborata dall’impresa, poi successivamente riutilizzata in altre occasioni simili.

Attraverso l’utilizzo di una fotogrammetria zenitale al terreno, ogni concio e ogni pietra sono stati analizzati e catalogati secondo una griglia e procedendo per strati successivi. In questo modo è stato possibile definire e studiare il cinematismo all’origine del crollo.